主角是塔莉亞,MS,阿斯蘭的小說叫《機動戰士高達SEED-DESTINY》，本小說的作者是富野由悠季 傾心創作的一本二次元、科幻、位面的小說，內容主要講述：C.E73年，距離前作的那場大戰已經過了大約兩年時光。當帕特里克·薩拉死後，引導PLANT前進的是穩健的新議長——基爾巴特·杜郎達爾。

而在阿斯蘭退伍後，成為扎夫特首席精英的，則是出生在奧布的少年飛鳥真。

他的眼神中帶著哀傷，不知道是否因為在先前的戰爭中失去了家人，成了孤兒的緣故。他是“戰爭悲劇”的真實寫照。而他之所以加入扎夫特，想要前往戰爭的動機又是什麼呢？是報仇？還是使命？

沒有人知道這一點。

另一方面，阿斯蘭來到了奧布，現在和卡嘉麗在一起，想保護卡嘉麗，同時又為了世界而奔走的使命讓其煩惱不已。

投身於扎夫特的男子和捨棄了扎夫特的男子。在二人之路交錯的地方，故事開始了……